学院设立继续教育学院，下设学历教育中心、培训中心、职业技能鉴定站、自考办，继教院位于学院思明校区，坐落于厦门市区风景秀丽的仙岳山下，员当湖畔，毗邻厦门市文化艺术中心、体育中心、人才中心，文化氛围浓厚，是厦门市体育文化休闲中心区。总占地面积100亩，建筑面积5.4万M2，主要作为成人教育、职业培训及国际合作的办学培训场所。

近年来，继教院充分把握海洋经济快速发展的大好机遇，大力弘扬“嘉庚”精神，依托于风景秀丽的厦门经济特区的有利条件，围绕我省“海洋经济强省”和“21世纪海上丝绸之路核心区”建设战略和现代海洋产业体系，以促进职业教育人才培养、专业建设、科技创新与海洋产业发展深度融合为导向，以合作办学、合作育人、合作就业、合作发展为主线，积极实施以品牌化建设为核心的培训发展计划，加大管理与办学模式改革创新，重点开展各级党政领导干部及涉海类专业技术人员的培训，以“合作、共享、提升、效益”的社会服务理念，构建立体多元的社会服务平台，着力在学历提升、社会培训、技能鉴定、技术服务等终身教育方面全面推进社会服务。

学院是国家海事局认定的国家海船船员培训机构、国家对台渔工培训机构、全国第一批海洋渔业船员一级培训机构、国家渔业船舶验船师培训基地，海洋科考安全综合技能培训基地，学院还建立国家职业技能鉴定站和农业部渔业行业特有工种鉴定站，近三年来，开展的各类培训人数达10万多人次，技能鉴定达到3万多人次。