大连航运职业技术学院实行董事会领导下院长负责制。根据航运发展趋势及就业需求，构建五系三部，即航海系、轮机系、电气系、国航系、经管系、基础部、继续教育部、培训部等。设置航海技术、轮机工程技术、船机制造与维修、船舶工程技术、船舶电子电气技术、船舶电气工程技术、电气自动化技术、机电一体化技术、港口电气技术、国际航运业务管理、物流管理、商务英语、国际邮轮乘务、报关与国际货运、旅游管理(首航环宇航空服务定制班)、学前教育等16个专业。

学院崇尚品质教育，重视素质培养，实行半军事化管理。学生管理以“认真执着，自强不息”为校训，严格贯彻“五个学会、六条律己、七种品格、八项能力”价值理念，形成“严之有理、严之有情、严之有度”的具有航海特色的校园文化。

学院实行双证教育，广泛开展校企合作，全力推进“教学做一体化”教学模式，形成了“以服务为宗旨，以就业为导向，走工学结合之路，为航运事业发展培养高素质技能型人才”的办学理念。二十一世纪是海洋的世纪，学院坚持品牌立校理念，结合大连建设东北亚国际航运中心的历史机遇，立足辽宁，面向全国，倾力打造中国航运高职教育第一品牌。

继续教育设置航海技术、轮机工程技术、船舶工程技术、电气自动化、机电一体化、国际航运业务管理、船机制造与维修、物流管理等八个专业，并开设旅游管理、商务英语、学前教育、计算机信息技术、国际邮轮乘务、土木工程、公司管理等专业成人高等教育专升本和高等教育自学考试本科段教育。现有专兼职教师19人，客座教授3人，师资队伍中95%以上具有硕士研究生学历，结构配置合理，教学经验丰富，承担学院成人高等学历教育、高等教育自学考试及应用本科专业教学。