正蓝旗第二中学始建于1966年，前身是蒙汉合校的正蓝旗中学，从1966年开始招收首届初中班，1971年开始招收首届汉授高中班，1977年蒙汉中学分校，改称为正蓝旗直属中学，2005年更名为正蓝旗第二中学。从此，正蓝旗第二中学成为正蓝旗唯一一所汉授普通完全中学。

正蓝旗第二中学坐落于上都镇中心地带，校园占地59541平方米,校舍建筑总面积7248.2平方米，学校教学区、运动区、生活区布局合理，并配有计算机教室和现代远程教育教室，此外，新近改建的食堂和宿舍能为300余名师生提供优质服务，在综合教学楼的西北侧另建一个多功能厅，该厅可容纳254人，内部配有先进的视听设备。