科尔沁实验高中始建于1978年，1978年2月，学校前身“通辽县实验中学”成立;1978年9月，通辽县实验中学迁至现在的科尔沁实验高中校址，被确定为吉林省重点中学;1979年，哲里木盟由吉林省划回内蒙古自治区，并于1986年9月更名为“通辽县实验高中”;1987年，哲里木盟行政区划调整，原通辽市和通辽县合并，称通辽市，学校又更名为“通辽市实验高中”;1999年10月，哲盟撤盟设市，原通辽市更名为科尔沁区，学校更名为“科尔沁实验高中”;2003年8月，科尔沁区河西实验初中与实验高中合并，称为“科尔沁中学”;2007年8月，科尔沁中学初、高中分立，学校又被定名为“科尔沁实验高中”，这也是科区唯一一所面向农牧区招生为主的重点高中。